Robotnik, porém, tenta então usar o seu último plano contra Sonic: uma gigantesca máquina muito poderosa (foto). Mas Sonic derrota Robotnik facilmente, e o cientista acaba fugindo. As esmeraldas tiveram o importante papel de reconstruir a ilha, que havia sido quase que destruída por Robotnik. Após isso, elas desapareceram e tudo parecia em paz na Ilha do Sul.

  As Chaos Emerald haviam desaparecido (para reconstruir a Ilha do Sul), e reapareceram em outros locais, e desta vez foi descoberta a existência de mais uma.

  Sonic conheceu um novo amigo, Tails, um grande fã do ouriço! Eles estavam na floresta fazendo um espetáculo (um show de golpes e habilidades num dia qualquer). Sonic mostrava a todos o seu novo golpe, o Spindash, enquanto Tails tentava acompanhar o ritmo de Sonic. De repente Sonic vira-se e vê que todos os seus amigos haviam sumido! Não há dúvidas: era Robotnik novamente! 

  Para poder concentrar todo o poder, Robotnik cria o Ovo da Morte (Death Egg), onde lá coloca a sua nova arma, um Sonic metálico do mal, o Silver Sonic. Silver Sonic foi programado para destruir Sonic! Além disso, somente o poder das Chaos Emerald poderia fortalecer o Ovo da Morte. Enquanto isso, o Sonic inicia sua jornada, junto com Tails, passando por novos desafios, perigos, mas consegue vencer tudo!

  O amigo de Sonic, Tails, possui uma grande habilidade de construir coisas, e ele acabou construindo um avião que auxiliou o Sonic a chegar até a Fortaleza Voadora de Robotnik (Wing Fortress), que como nome já diz, é uma grande e poderosa fortaleza carregada de perigos para impedir o Sonic de chegar ao Ovo da Morte. Porém, lá ele derrota Robotnik. Agora bastava apenas Robotnik se esconder no Ovo da Morte, era a sua última chance, uma vez que o Sonic conseguiu achar as Chaos Emeralds antes que ele.

  Quando Sonic está com todas as Chaos Emerald (ou seja, 7), ele pode virar o invencível Super Sonic, que seria o Sonic muito mais poderoso. Por essa razão, o Sonic pôde derrotar Robotnik facilmente na Fortaleza Voadora. Porém, no Ovo da Morte não há anéis e lá Sonic não pode se tornar Super. Mas, então, como o Sonic faria para alcançar Robotnik, que havia fugido em sua nave, se o avião de Tails foi atingido antes de entrar na Fortaleza Voadora?